El coraje y la garra de losjugadores  cuencanos como: Pablo Marín y José Chacha se vio reflejado en esta década de lucha contra la historia que abarca desde 1990 hasta 1999. Se consigue salvar la categoría y conformar una excelente base de jugadores, además que en este año de 1999 pese a perder la categoría, el club por primera vez participa en la Copa CONMEBOL.